ביום 5.7.2006 עתר המוקד להגנת הפרט לבג"ץ בגין הפסקת ביקורים של בני משפחה, תושבי השטחים, אצל יקיריהם הכלואים במתקני הכליאה השונים ברחבי ישראל ובמתקן עופר שבגדה. ביקורים אלה הופסקו כליל ביום 26.6.2006, מיד לאחר חטיפתו של החייל גלעד שליט.
העתירה כוללת פירוט של האופן בו פועל כיום הסדר הביקורים של בני המשפחות בבתי הכלא, הסדר אשר הושג לאחר עתירות חוזרות ונשנות של המוקד. כן מתארת העתירה את הקשיים אותם מערימה ישראל על המבקשים להשתתף בביקורים ואת הנוהג של הצבא לבטל כליל את הביקורים בכל עת שמוטל סגר כללי על השטחים. בעניין זה הודיע הצבא לאחרונה, בעקבות עתירה שהגיש המוקד, כי במקרים בהם יוטל סגר כללי על השטחים, יחודשו ביקורי הכלואים בתוך 72 שעות ממועד הטלת הסגר.
לעניין הפסקת הביקורים הנוכחית, טוען המוקד כי על-פני הדברים דומה שישנה זיקה בין חטיפת החייל לבין שלילת זכויות היסוד של האסירים ומשפחותיהם. נראה שהפגיעה בזכויות של האסירים ומשפחותיהם באה בבחינת "מידה כנגד מידה". שיקול שכזה, שהוא בבחינת ענישה קולקטיבית, הוא שיקול זר ואסור. יצוין, שגם אם שיקולים ביטחוניים טהורים עמדו בבסיס ההחלטה, הרי שאין בהם כדי להצדיק חריגה מהזכויות המובטחות לאסירי-אויב לפי המשפט ההומניטארי הבינלאומי.
לצפייה בעתירה 
