המוקד הוא ארגון עצמאי ובלתי תלוי. משאביו הכספיים של המוקד מקורם בתרומות בלבד, מקרנות בישראל, אירופה וארה”ב, התומכות בפעילות זכויות אדם ברחבי העולם וכן מאנשים פרטיים.
עיקר המימון מקורו בישויות מדיניות זרות.