ארגוני זכויות אדם, ביניהם המוקד להגנת הפרט, הגישו בקשה לפי פקודת ביזיון בית המשפט, בשל הפרת הצו המוחלט שניתן בעתירתם משנת 1994, לאסור על השימוש בעינויים והתעללות במהלך חקירות שב"כ: מאז מתן פסק הדין הצטברו עדויות המצביעות כי נוהג השימוש באלימות פיזית במהלך חקירה מעולם לא פסק וחוקרי השב"כ ממשיכים בהפעלת שיטות חקירה בלתי חוקיות בחסות "הגנת הצורך"

ב-6 בספטמבר 1999 פרסם בג"ץ את פסק דינו במספר עתירות, ביניהן עתירת המוקד להגנת הפרט, כנגד מדינת ישראל והשב"כ, לאסור על השימוש בשיטות חקירה המהוות התעללות אסורה ואף עינויים. פסק הדין שינה את המצב המשפטי ששרר עד אז בישראל בשאלת סמכויותיו של השב"כ בחקירת חשודים בפעילות טרור.

מסקנתו המרכזית של בג"ץ היתה, כי אין לשב"כ סמכות חוקית להשתמש באמצעי חקירה פיזיים, החורגים מכללי החקירה "הסבירה וההוגנת", והגורמים סבל לנחקר. פסק הדין קבע כי "סמכות החקירה המוקנית על פי חוק לחוקר שב"כ היא אותה סמכות חקירה המוקנית על פי חוק לחוקר משטרה", כלומר, השימוש ב"אמצעים פיזיים" על-ידי השב"כ הוא בלתי חוקי, שכן הוא חורג מעקרונות החקירה הסבירה, פוגע בזכותו של הנחקר לכבוד, המעוגנת בחוק היסוד: כבוד האדם וחירותו, ומהווה עבירה פלילית לפי חוק העונשין.

למרות כל זאת, קבע בג"ץ כי חוקרי שב"כ שחרגו מסמכותם והשתמשו בלחץ פיזי, לא ישאו באחריות פלילית אם יסתבר בדיעבד שהדבר נעשה ב"נסיבות המתאימות". וזאת על בסיס הגנת הצורך המוכרת מחוק העונשין. משמעות הדבר היא כי אם יחליט חוקר שב"כ על שימוש בכוח בעת חקירה, עת יחוש חובה לעבור על החוק בנסיבות קיצוניות, תיעשה החלטתו זו אך ורק על דעתו, ובהיעדר כל גיבוי משפטי באותו שלב, מתוך אמונה שהגנת הצורך תפטור אותו מאחריות לכשיתברר עניינו במסגרת הליך פלילי.

ההנחה של בג"ץ, לפיה במקרים מסוימים עשוי חוקר ליהנות מהגנת הצורך (במסגרת פלילית, כשהוא עומד לדין) עומדת בניגוד למשפט הבינלאומי, הקובע ששום נסיבות אינן יכולות להצדיק עינויים. על-כל-פנים, גם לפי פסיקת בג"ץ, מדובר בהגנה מוגבלת מאוד: היא אינה מכשירה את העינויים אלא רק עשויה לפטור את החוקר מענישה פלילית בגין פעולה שנעשתה מתוך אימפרוביזציה של רגע ולא באורח שיטתי.