בדצמבר 2010 עשו הוריו של אסיר את דרכם מביתם שבגדה המערבית לכלא מגידו, על מנת לבקרו. המדובר במסע ארוך, לו קדם הליך פרוצדוראלי ממושך לקבלת היתרי כניסה לישראל. כאשר הגיעו ההורים לפתח בית הכלא, הופתעו לגלות כי בנם אינו נמצא במקום ופנו למוקד להגנת הפרט שהחל בניסיון לאתרו. בתגובה לפניית המוקד למרכז השליטה של שב"ס, נמסר כי האסיר מוחזק בכלא מגידו. כאשר פנה המוקד לבית הכלא עצמו, לבירור המידע הסותר, נמסר כי האסיר אמנם רשום בבית הכלא, אך מוחזק למעשה מזה למעלה משבוע בבית המעצר בפתח תקווה. כאשר נשאלה מפקדת בית המעצר בפתח תקווה כיצד זה שאסיר המוחזק במתקן במשך מספר ימים אינו רשום בו, השיבה כי על פי נהלים פנימיים של השב"ס, האסיר מוגדר 'במעבר', ולכן לא ניתן לרשום אותו במקום שבו הוא מוחזק בפועל.
מקרה זה הוא אחד מיני רבים המטופלים במוקד בשנים האחרונות, המצביעים על תופעה מטרידה – עצירים ואסירים המוחזקים במתקני כליאה של שב"ס מועברים למתקני כליאה אחרים, על פי רוב לצורכי חקירה, ללא רישום מסודר כפי שמחייב החוק. חרף העובדה שמשך השהייה של העציר מחוץ ל"כלא האם" עשוי להגיע לכדי ימים רבים ואף שבועות, שב"ס אינו מעדכן את רישום העצירים הללו, והם נותרים רשומים ב"כלא האם".
באפריל 2011
עתר המוקד לבג"ץ, להורות לשב"ס לנהל רישום מדויק ובכל זמן נתון של כלואים המוחזקים במתקנים שבאחריותו, כמוגדר בחוק. בעתירה נכתב, בין היתר, כי כפועל יוצא מהרישום השגוי, משפחתו של עציר ועורך הדין המייצג אותו, אינם יודעים דבר על מקום הימצאו, ואין באפשרותם לברר מהו מצבו הבריאותי, באילו תנאים הוא מוחזק, האם ומתי ניתן להיפגש עמו וכיוצא באלה. כתוצאה מכך נפגעת יכולתם לפעול למימוש זכויותיו כעציר/אסיר. עוד טען המוקד בעתירה, כי המצב חמור עוד יותר בכל הנוגע לתנאי הכליאה של "אסירים ביטחוניים", המנועים על פי דין מקיום קשר טלפוני עם קרוביהם, כך שהאפשרות היחידה לקבלת מידע על מקום החזקתם נסמכת על רישומי השב"ס.
המדינה דרשה למחוק את העתירה, בטענה כי לא קיים נוהל פנימי המונע רישום של אסירים במעבר; כי מערכת התיעוד הפנימית של השב"ס היא מדויקת; וכי הסדרי הרישום הקיימים מלאים ומאפשרים מעקב אחר תנועות העציר. המדינה ציינה עוד, כי מחובתה לעדכן קרוב משפחה של עציר במקרה של העברה, גם אם זמנית, למתקן אחר. בנוסף נמסר כי השב"ס רענן את ההנחיה, לפיה המידע שיימסר לפונים יהיה אך ורק מקום מעצרו בפועל של העציר בעת מסירת המידע.
נוכח תשובת המדינה ביקש המוקד מבית המשפט למחוק את העתירה, בכפוף למתן תוקף של פסק דין להסכמה שהושגה בינו לבין השב"ס בכל הנוגע למסירת מידע עדכני אודות מקום הימצאו בפועל של כל עציר/אסיר. בית המשפט קיבל את הבקשה ומחק את העתירה. 
