במשך שנים רבות, מאז החל לטפל בפניותיהם של תושבי ירושלים המזרחית מול גורמים שונים במשרד הפנים ובמוסד לביטוח לאומי, נדרש המוקד להגנת הפרט לשלם אגרה בסך 30 ₪ בכל פעם שביקש מידע מתיקו של אדם בביטוח הלאומי (חומרי חקירה, מידע מתיק הבטחת הכנסה, פרוטוקולים של ועדה רפואית וכד').
בסוף שנת 2009 התבשר המוקד כי החל מינואר 2010 תחול עלייה בסכום האגרה והוא יעמוד מעתה על 86 ₪. בתשובה לפניית המוקד למל"ל בנדון, התברר כי האגרה נקבעה על בסיס החלטת סמנכ"ל גימלאות, המתייחסת למסירת מידע "לחברות איסוף מידע הפועלות בשירות חברות הביטוח" וכי סכום האגרה הותאם לאגרה הנגבית מתוקף חוק חופש המידע.
בפנייה לסמנכ"ל גמלאות בביטוח הלאומי לבירור פשר גביית האגרה ועלותה הגבוהה, צוין כי "המוקד להגנת הפרט הוא ארגון זכויות אדם, עמותה ללא כוונות רווח, הפונה למוסד לביטוח לאומי כמיופה כוח של תושבי ירושלים המזרחית, לצורך מיצוי זכויותיהם מול המוסד ומול משרד הפנים" והרי חוק חופש המידע מבהיר, בסעיף 18(ד), כי "לא תיקבע אגרה בעד בקשה של אדם לקבל מידע אודות עצמו." בהתאם לאותה הוראת חוק אף קבע הביטוח הלאומי, ופרסם באתר האינטרנט שלו, כי "מידע שאדם מבקש אודות עצמו וזכויותיו פטור מאגרת בקשה וכן מאגרת טיפול עבור 6 שעות עבודה".
ביום 28.6.2010 התקבלה תשובת המל"ל, לפיה "סניף ירושלים פירש את ההנחיה בצורה מוטעית". עם זאת נמסר, כי המוקד אינו רשאי לפנות בשם מבוטחים וכי על מנת לקבל מידע עבור מבוטח יש לצרף ייפוי כוח מטעמו.
