ביום 31.10.2001 הרגו חיילים פלסטיני מטולכרם, שעה שהחנה את רכבו בחצר ביתה של אחותו. מצ"ח החלה לחקור את האירוע כשנה וחצי לאחר מכן, רק בעקבות פניית המוקד להגנת הפרט. עדויות של החיילים והמפקדים שלקחו חלק באירוע נגבו בחלוף שנה וחצי נוספות. מחומר החקירה עלה, כי המנוח לא סיכן חיי אדם בשעה שנורה וההחלטה להוציאו להורג – בשל חשד לפיו הוא מתצפת ומכוון ירי לעבר עמדות של הצבא – נתקבלה מבעוד מועד; החיילים ירו בו ללא כל ניסיון לעוצרו, ובאמצעות נשק "שיכול רק להרוג".
שבע שנים לאחר האירוע – ורק לאחר שהמוקד עתר לבג"ץ להורות לפרקליטות הצבאית להכריע בנוגע להעמדתם לדין של האחראים להוצאה להורג – הודיעה הפרקליטות על סגירת תיק החקירה. לאחר שנתיים וחצי נוספות דחתה התובעת הצבאית את הערר שהגיש המוקד על ההחלטה לסגור את תיק החקירה, בנימוק כי לחיילים עומדת "הגנת הצורך".
ביום 26.7.2012
עתר המוקד לבג"ץ, להורות לצבא להעמיד לדין את החיילים המעורבים בהריגתו של האיש, בהיותה פעולת חיסול. בין השאר טען המוקד, כי הפגיעה במנוח לא היוותה אמצעי לגיטימי להצלת חיי אדם אלא נטילת חיי אדם באופן שרירותי.
במסגרת
הדיון בעתירה טענו באי כוחם של החיילים, כי אלה השתחררו לפני שנים מהצבא ולפיכך אין להעמידם לדין על פי חוק השיפוט הצבאי, שחל עליהם עד שנה מיום שחרורם; וכי גם במשפט הפלילי האזרחי חלה התיישנות על מקרה זה. לעומתם טען המוקד, כי השיהוי בהעמדה לדין נבע מרשלנות של גורמי התביעה הצבאית; כי יש להעביר את תיק החקירה ליועץ המשפטי לממשלה, לשם העמדת האחראים לדין פלילי אזרחי; וכי בכל מקרה מדובר בעבירות חמורות שלא חלה בעניינן התיישנות. ביולי 2013
מחק בית המשפט את העתירה, בכפוף להבהרת המדינה כי הפרקליט הצבאי הראשי ישקול את העברת תיק החקירה ליועץ המשפטי לממשלה ככל שהעותרים יפנו אליו בעניין זה.
בעקבות פסק הדין פנה המוקד ביום 4.8.2013 לפרקליט הצבאי הראשי, בבקשה כי יעביר את הטיפול בחקירה ליועץ המשפטי לממשלה, על מנת שהאחרון יבחן את האפשרות להעמיד לדין את המעורבים בהריגה. המוקד ציין, כי מחומר הראיות בתיק עולה חשד כבד לביצוע עבירות חמורות ביותר, אשר לא חלה עליהן התיישנות, וכי החלטה להותיר בעינה את החלטת הפרקליטות הצבאית על סגירת תיק החקירה, תהווה רישיון להרוג אזרחים רק בשל חשד למעורבותם בפעילות עוינת, גם בשעה שאינם מסכנים בפועל חיי אדם. המוקד הוסיף, כי החלטה שלא להעביר את התיק לבחינתו של היועץ המשפטי לממשלה תהיה החלטה בלתי סבירה באורח קיצוני, שתאפשר למקרה – שתוצאתו חמורה ביותר – לחמוק מהתייחסות הולמת בשל סיבות טכניות, הנובעות מרשלנות גורמי אכיפת החוק הצבאיים, שגררו את הטיפול בנושא כעשר שנים.
