במסגרת טיפולו בתלונות של פלסטינים, מציג המוקד להגנת הפרט בפני הרשויות הישראליות ייפויי כוח, המסדירים את מעמדו של המוקד כבא כוחם החוקי. למרות זאת, נתקל המוקד במאי 2015 בשני מקרים, בהם פנו אנשי המינהל האזרחי ישירות לפלסטינים המיוצגים על ידי הארגון, והחתימו אותם על התחייבויות הנושאות השלכות משפטיות. המדובר בשני תושבי הגדה המערבית, שהוזמנו למינהלת התיאום והקישור (מת"ק) – כל אחד באיזור מגוריו – שם נדרשו לחתום על התחייבות כתנאי להסרת המניעה הביטחונית ליציאתם לחו"ל. למותר לציין, כי הדבר נעשה ללא ידיעתו של המוקד ועל כן לא קיבלו השניים כל ייעוץ משפטי בנוגע להשלכות חתימתם על אותן התחייבויות.
ביום 28.5.2015
פנה המוקד לראש המינהל האזרחי והלין על ההתנהלות הפסולה בשני המקרים. המוקד הדגיש, כי מדובר בפגיעה חמורה בזכות לייצוג משפטי וכי העובדה שהפגיעה התרחשה בשני מת"קים שונים מעלה חשש כי מדובר במדיניות מכוונת של המינהל האזרחי, שמטרתה לפגוע בזכויותיהם של תושבי השטחים הכבושים.
