במהלך החודשים יוני ויולי 2009 שלח המוקד תלונות לגורמים שונים, בעניין יחס בלתי הולם ומשפיל לו זכו פלסטינים עת שהוחזקו במשמורת השב"ס. המתלוננים נעצרו על ידי כוחות הביטחון בסוף שנת 2008 וראשית שנת 2009, והועברו כולם למתקן המעצר והחקירה בפתח-תקווה, המצוי באחריות השב"ס. בין השאר פנה המוקד לקצין הרפואה הראשי של השב"ס, כדי לקבל את תיקיהם הרפואיים של המתלוננים. בתום משא ומתן - במהלכו נדרש המוקד לפרט, בין השאר, את הסיבה שבגינה ביקש לקבל לידיו צילום של התיק הרפואי ולנמק מדוע הוא דורש לקבל לידיו את התיק הרפואי כולו - החליט קצין הרפואה הראשי להיעתר לבקשות המוקד ולהעביר התיקים לידיו.
בחלוף תשעה חודשים תמימים מאז נשלחו 17 הבקשות, רק בתיק אחד נמסר תיעוד רפואי מלא, כנדרש על פי חוק; ביתר התיקים אין בכלל מידע רפואי מתקופת החזקת המתלוננים בידי הצבא – סמוך למעצר (וזאת למרות שלפי מידע שהתקבל מהצבא, החומר הרפואי מתקופה זו הועבר לידי שב"ס); ולמעט תיק אחד, המידע הרפואי שהועבר ממתקן המעצר בפתח-תקווה לוקה בחסר. לאור כך
עתר המוקד לבג"ץ ביום 16.6.2010, בדרישה לקבל לידיו את התיקים הרפואיים במלואם.
בעתירה טוען המוקד כי העברת מידע רפואי חסר וחלקי - שאינו מעיד על מלוא הטיפול הרפואי שניתן לאורך התקופה לגביה התבקש המידע - מנוגדת לחוק ולרוחו. כמו כן, היעדר מידע רפואי הנוגע לתקופה בה הוחזקו המתלוננים במתקן החקירה, אשר בו, על פי תצהיריהם, קיבלו יחס משפיל - מעורר תהיות.
