לפי הסכמה שהושגה בין המוקד להגנת הפרט לפרקליטות: בני זוג שנאלצו לעבור להתגורר בשטחים בעקבות החלטת משרד הפנים, לא יידרשו להוכיח מרכז חיים בירושלים, במקרה של בקשה עתידית

בשנת 1999 אישר משרד הפנים בקשה של תושבת ישראל, המתגוררת בשועפט, לאיחוד משפחות עבור בעלה, תושב השטחים. הבעל החל לקבל היתרי שהייה מתחדשים, ובהתאם להליך המדורג לקבלת מעמד קבע בישראל, שודרג מעמדו בחלוף 27 חודשים למעמד של תושב ארעי. מאז אושרה הבקשה ביססה המשפחה את שגרת חייה בירושלים, עד שבנובמבר 2006 החליט לפתע משרד פנים לסרב לחידוש אשרת השהייה של הבעל, בטענה כי "אחיו של המוזמן פעילים בארגון טרור ומעורבים בפעילות אלימה". יצוין כי האחים אשר להם יוחס המידע, הם למעשה אחיו-למחצה של העותר (אבי העותר נישא לארבע נשים, מהן נולדו לו 21 ילדים). בניסיונותיו לקבל ממשרד הפנים מידע על הסיבה לסרב לחדש את אשרת השהייה, הגיש המוקד ערר, עתירה מינהלית, בקשה לפרטים נוספים, ולבסוף – עתירה לגילוי ראיה לבית המשפט העליון. בתגובה לעתירה לגילוי ראיה טען משרד הפנים, לראשונה, כי קיים מידע המייחס לעותר עצמו "קשר עם פעילי טרור". 
 
לאור המידע החדש, הגיש המוקד בפברואר 2008 עתירה מינהלית נוספת. המוקד טען, בין השאר, כי בין העותר לבין אחיו-למחצה קיים נתק מוחלט ומכוון, ומכאן שהסירוב לבקשה לאיחוד משפחות, משמעו קריעתו של אדם ממשפחתו בגין מעשים המיוחסים לאנשים שהקשר שלו  איתם הוא קשר "על הנייר" בלבד.
 
בית המשפט לא מצא עילה להתערב בהחלטת משרד הפנים ודחה את העתירה. בספטמבר 2008 ערער המוקד לבית המשפט העליון. המוקד טען, כי הסירוב לבקשה לחידוש אשרת השהייה היה   אוטומטי, ללא הפעלת שיקול דעת מצד המדינה. לצד הערעור, הגיש המוקד בקשה לצו ביניים, לאפשר לבעל להמשיך לשהות בירושלים עד למתן החלטה בערעור. הבקשה נדחתה, והבעל נאלץ לחזור לשטחים, לאחר 16 שנות מגורים בירושלים. אשתו וילדיו עזבו גם הם בעקבותיו, ועברו להתגורר עמו בשטחים.
 
להחלטת משרד הפנים, שבעטיה נאלצה המשפחה לעזוב את ירושלים, נלוות גם השלכות עתידיות. במקרה של בקשה עתידית לאיחוד משפחות, לא תעמוד המשפחה בתנאי הסף לבחינת הבקשה – הוכחת מרכז חיים של התושבת בירושלים במשך שנתיים, קודם להגשת הבקשה. משמעות הדבר היא, שרק אם האישה תחזור לירושלים עם ילדיהם ותשאיר את בעלה להתגורר בשטחים בגפו משך שנתיים לפחות, תהיה היא זכאית להגיש בקשה חדשה לאיחוד משפחות עבורו.
 
לקראת הדיון שנערך ביום 24.1.2011, הושגה הסכמה בין הצדדים, לפיה תינתן לבני הזוג האפשרות להגיש בקשה לאיחוד משפחות, שתיבחן לגופה ולא תידחה על הסף, למרות היעדר מרכז חיים בירושלים. הרעיון העומד בבסיס ההסכמה, לדברי הפרקליטות, הוא שישיבתם בשטחים בעקבות סירובו של משרד הפנים לחידוש האשרה ובעקבות דחיית העתירה, לא תהיה להם לרועץ בעתיד. ההסכמה קיבלה תוקף של פסק דין, והערעור נמחק.