המוקד להגנת הפרט מטפל במשך שנים רבות בהשבת גופות פלסטינים, הנמצאות בידי ישראל, למשפחותיהן, לצורך הבאתן לקבורה. במהלך השנים 2005-2004 פנה המוקד ליועץ המשפטי לגדה המערבית בשמן של כ-80 משפחות, בבקשה להחזיר להן את גופות יקיריהם. מלשכת היועץ המשפטי התקבלה תשובה כי יש נכונות מצד ישראל להשיב את הגופות,
לאחר זיהוי מדעי.
בקיץ 2006 נתפס החייל גלעד שליט ברצועת עזה וכשבועיים לאחר מכן נתפסו החיילים אהוד גולדווסר ואלדד רגב בגבול לבנון – באחת הוקפא הטיפול בהשבת גופות פלסטינים. כך נכתב
בהודעת המדינה מיום 4.1.2007, במסגרת עתירת המוקד להשבת אחת הגופות: "לנוכח הסבירות הגבוהה כי ייעשה בגופות המפגעים שימוש במסגרת מו"מ... הוחלט לעכב לעת הזאת את העברת גופות המפגעים למשפחותיהם עד לפתרון סוגיית החטופים". טענה זו של המדינה הועלתה שוב ושוב במשך השנים במהלך טיפול בבקשות דומות.
נוכח חזרתו של גלעד שליט לביתו, מבקש המוקד לפעול כדי להשיב את הגופות למשפחותיהן. ההסכמה העקרונית, כאמור, ניתנה לפני שנים ועתה השתנו הנסיבות שעמדו בפני מימוש ההבטחה.
במכתב מיום 26.10.2011 פנה המוקד לגורמים הצבאיים בשמן של 29 משפחות, שגופות יקיריהן מוחזקות בישראל.
