ביום 27.7.2017 עתר המוקד לבג"ץ, בדרישה להורות לצבא לחשוף את הנהלים העוסקים בטיפול וקבורה של גופות פלסטינים, אשר נקבעו בין השנים 1998-1971 ונזכרו בדו"ח ועדת ארדיטי. זאת, לאחר שבקשתו לקבל את המסמכים האמורים סורבה בטענה ש"מדובר בחומר מסווג בעל רגישות ביטחונית". המוקד טען, כי אין כל בסיס או הגיון לנימוק לפיו העברת הפקודות הישנות עלולה לסכן את ביטחון המדינה, בעוד שהנהלים העדכניים והתקפים כיום נמסרו למוקד במסגרת פנייה לפי חוק חופש המידע. עוד טען המוקד, כי נראה שהמדינה נתלית בנימוק אבסורדי זה על מנת להסתיר ולטשטש את כשליה בטיפול בגופות ואף הדגיש, כי הזכות לדעת – העומדת בבסיס העתירה – מהווה זכות יסוד, הנמנית עם אבני היסוד של חברה חופשית ודמוקרטית.
בעקבות העתירה, מסרה המדינה ביום 27.8.2017, כי החליטה לחזור בה מהחלטתה הקודמת ומסרה את הנהלים שהתבקשו במלואם:
פקודה 705.1 - מסתננים אזרחים ותושבי שטחים - הרוגים – אפריל 1971
פקודה 219 - טיפול במסתננים ותושבים מקומיים שנהרגו ע"י כוחותינו בשטחים המוחזקים – אוקטובר 1977
הנדון: הוראה מבצעית מס' 2.10/קבורת מחבלים– יוני 1989
הוראה מבצעית 2.10 - עדכון – גופות מחבלים/העברה קבורה ותיעוד – מאי 1992
גופות מחבלים ומסתננים – נוהל קבורה – מרץ 1995
גופות מחבלים ומסתננים – נוהל קבורה – מרץ 1995
גופות מחבלים ומסתננים – נוהל קבורה – יולי 1995
קפ"ק אג"מ מבצעים פקודה מס' 1/7.430 גופות מחבלים ומסתננים - נוהל קבורה – אוגוסט 1997