מדיניות חדשה המיושמת על ידי מדינת ישראל מכוח חוק האזרחות והכניסה לישראל (הוראת שעה) מונעת מילדים פלסטינים לקבל מעמד חוקי בישראל כחלק בלתי נפרד מהקפאת הטיפול בבקשות לאיחוד משפחות: המוקד להגנת הפרט ובצלם קוראים למשרד הפנים לחדש לאלתר את הליכי רישום הילדים, באופן יעיל וענייני, בהתבסס על ההכרה בזכותם של כל תושבי ישראל ואזרחיה להתגורר עם ילדיהם במקום בו יבחרו, ולכנסת לפעול באופן מיידי לביטולו של החוק, או למצער למנוע החלתו הגורפת על קטינים

במאי 2002 החליטה ממשלת ישראל להקפיא את הטיפול בכל הבקשות של תושבים ישראלים לאיחוד משפחות עם פלסטינים תושבי השטחים. במקביל, החל משרד הפנים ביישום מדיניות חדשה, לפיה מעמדם של ילדים קטינים שנולדו בחו"ל, או נרשמו במרשם אוכלוסין אחר, יוסדר במסגרת של בקשה לאיחוד משפחות. יודגש כי מדיניות זו הוחלה גם על אותם ילדי תושבים אשר מתגוררים בפועל בישראל עם ההורה התושב.

בחודש יולי 2003 עוגנה החלטה זו בחוק האזרחות והכניסה לישראל (הוראת שעה), תשס"ג-2003. לאחר שהוארך מספר פעמים, תקף חוק זה כיום עד לחודש ינואר 2007. על אף התיקונים שהוכנסו בו בחודש אוגוסט 2005, שולל החוק - והאופן שבו מפרשו משרד הפנים - מילדים רבים, שרק אחד מהוריהם תושב ישראל, והאחר תושב השטחים, את האפשרות לקבל מעמד קבוע בישראל.

על פי התיקון לחוק, ילדים בגילים 18-14, עליהם חל החוק, לא יוכלו לקבל מעמד בישראל, וזאת אף אם הם מתגוררים בתחומה עם ההורה תושב ישראל. כל שיוכלו לקבל הוא היתר שהייה זמני בישראל. היתר זה ניתן לתקופות קצרות, של שלושה עד שישה חודשים, ואינו מקנה זכויות סוציאליות כלשהן. מעמדם העתידי של אותם ילדים לוט בערפל ולא ברור מה יקרה בהגיעם לגיל 18 – האם יוארך היתר השהייה שברשותם או שמא יאבדו הילדים גם את זכאותם להיתר שהייה. במקרה זה ייאלצו לעזוב את ביתם בישראל, או בירושלים המזרחית, או, לחלופין, לחיות תחת האיום של גירוש לשטחים בכל עת. אשר לילדים עד גיל 14, החוק מאפשר להעניק להם מעמד בישראל, אך מדיניות משרד הפנים היא להעניק להם אשרה של "תושב ארעי" בלבד. אשרה זו אמנם מקנה לילד את מלוא הזכויות הסוציאליות המוקנות לתושבי קבע (בהן ביטוח לאומי וביטוח בריאות), אולם על פי מדיניות זו, מוענקת האשרה לשנתיים בלבד. משרד הפנים מסרב להתחייב לגבי מעמדם של אותם ילדים בסיומן של אותן שנתיים: האם ישודרג מעמדם למעמד של קבע או האם ייוותרו במעמד של "תושב ארעי".

כך או כך, הן על מנת לקבל את האשרה של תושב ארעי לילד שגילו פחות מ-14, והן על מנת לקבל את היתר השהייה לילדיו בגילאים 18-14, יצטרך ההורה תושב ישראל להוכיח שמרכז החיים של אותו ילד מצוי בתחומי מדינת ישראל.

במאי 2006 דחה בג"ץ מספר עתירות שהוגשו נגד החוק, בין השאר על ידי עדאלה, האגודה לזכויות האזרח והמוקד להגנת הפרט. זאת, למרות שלמעשה, שישה מתוך 11 שופטי ההרכב קיבלו את טענת העותרים, כי החוק מפר את הזכויות החוקתיות לחיי משפחה ולשוויון באופן שאינו מידתי.  בדחייתו את העתירות, קיבל בג"ץ את ההסבר הרשמי שנתנה המדינה לחוק, לפיו תכלית החוק ביטחונית בלבד. יש לציין, כי במהלך הליכי חקיקת החוק ובהצהרות פומביות, לא היססו נציגי המדינה והממשלה לנקוב בתכליתו האמיתית של החוק. תכלית זו היתה - והינה - בראש ובראשונה דמוגרפית, קרי - סיוע בשימור הרוב היהודי בישראל.

העתירה שהגיש המוקד להגנת הפרט בעניין החוק, עסקה בפגיעתו הייחודית בילדיהם של תושבי ירושלים המזרחית הנשואים לתושבי השטחים. בפסק דינם התעלמו שופטי בג"ץ, כמעט ללא יוצא מן הכלל, מהאיום שבחוק על גורלם של אותם ילדים. השופט חשין קבע בפסק דינו, כי ההסדר בעניינם "משביע רצון". דווקא אחת משופטות הרוב, השופטת מ' נאור, שהצטרפה לעמדה הדוחה את העתירות, קבעה כי ראוי לשקול העלאה ניכרת של גילם של הקטינים עליהם לא יחול האיסור שבחוק.

השלכותיו של החוק קשות, במיוחד על הילדים המתגוררים עם הוריהם מכוח היתר שהייה זמני וכן על אלו שמעל גיל 18, החיים עם הוריהם ללא היתר. בעיקר משפיע החוק על יכולתם של הילדים לנוע באופן חופשי, שכן רבים מהם מעוכבים ומוטרדים במחסומים השונים שבין הגדה המערבית לישראל, ובמיוחד במחסומי הכניסה והיציאה אל ירושלים המזרחית וממנה, וזאת למרות ההיתרים בהם הם מחזיקים.  החוק גם מונע מהילדים שמעל גיל 18, החיים עם הוריהם ללא היתר, לנהל חיים תקינים – לעבוד, להינשא וכיוצא בזה – לצד משפחתם וללא חשש תמידי מגירוש. בנוסף, האפליה שיוצרים החוק ומדיניות משרד הפנים בין ילדים בגילאים שונים, מובילה למצב בו במשפחות רבות חיים ילדים בעלי מעמד חוקי שונה: ילדים שהם תושבי קבע, ילדים שלהם תושבות ארעית וילדים המחזיקים בהיתרים זמניים, מצב המשפיע לרעה על יציבות חיי המשפחה ומכאן, על היחסים בין בני הבית.

עקרון טובת הילד, המהווה עיקרון מנחה במשפט הישראלי ובמשפט הבינלאומי, מחייב את המדינה לשים את טובת הילד כשיקול עליון בכל החלטה וקביעת מדיניות הנוגעות לילדים החיים תחת שיפוטה. עיקרון זה מחייב לאפשר לילד לגדול בסביבה משפחתית יציבה ותומכת. בישראל, כעניין של מדיניות חברתית ומשפטית וכחלק מההגנה שעל החברה לפרוש על מערך היחסים שבין הורה משמורן לילדו, אומץ גם העיקרון, לפיו מעמדו של ילד צריך להיות כמעמד הורהו המשמורן, תושב המדינה, ובלבד שהילד חי עם הורהו זה בתחומי המדינה. יחד עם זאת, נראה כי בכל הנוגע לילדיהם של תושבי הקבע הפלסטינים בירושלים המזרחית, נותרו עקרונות אלה על הנייר בלבד.

שלילת האפשרות לקבל מעמד של תושב קבע בישראל באמצעות החוק, מהווה הפרה מתמשכת של זכויותיהם של הילדים הללו ושל משפחותיהם. החוק פוגע פגיעה אנושה בזכות לחיי משפחה, שהוכרה כאחד ממרכיבי הזכות לכבוד, המעוגנת בחוק יסוד: כבוד האדם וחירותו, שכן הוא מונע מהילדים ומהוריהם לקיים חיי משפחה תקינים ויציבים. בנוסף, פוגע החוק באפשרותו של ההורה התושב לקיים את חובותיו כלפי ילדיו. חובתה של ישראל לכבד את הזכות לחיי משפחה ולהימנע מהתערבות שרירותית בחיים אלה, מעוגנת גם במשפט זכויות האדם הבינלאומי.

החוק יוצר אפליה דה פקטו בין ילדיהם של פלסטינים, תושבי ישראל ואזרחיה, שהחוק שולל מהם את הזכויות הנגזרות מעקרון טובת הילד, לבין ילדיהם של אזרחים ותושבים שאינם פלסטינים, הנהנים מפירותיו של עיקרון זה. יתרה מכך, החלת החוק על ילדים, מהם לא נשקפת כל סכנה לשלום הציבור, חושפת את ערוות תכליתו המוצהרת, אשר היתה ונותרה, באופן רשמי, ביטחונית.

המוקד להגנת הפרט ובצלם קוראים לכנסת לבטל את החוק ולא להאריך שוב את תוקפו. למצער, יש לבטל את החלתו הגורפת על קטינים. על משרד הפנים לחדש לאלתר את הליכי רישום הילדים, באופן יעיל וענייני, בהתבסס על ההכרה בזכותם של כל תושבי ישראל ואזרחיה להתגורר עם ילדיהם במקום בו יבחרו.