בינואר 2011 דחה בג"ץ את עתירת המוקד להגנת הפרט, שדרש לסגור לאלתר את מתקן הכליאה הסודי 1391, והכשיר בכך את קיומו ופעילותו של המתקן, שפועל בחשאיות גמורה ומשמש לאורך השנים בעיקר להחזקה וחקירה של כלואים ערבים/מוסלמים ממדינות זרות.
פסק הדין, על נספחו הסודי – "הסדר מצמצם" שהציעה פרקליטות המדינה – מכפיף אמנם את המתקן הסודי לתחום הגנתו של החוק הישראלי, אולם באופן מעשי משאיר את כל הנעשה בתוך המתקן עלום וסודי.
מאז ניתן פסק הדין ממשיך המוקד בניסיונותיו לעקוב אחר השימוש שעושה ישראל במתקן הסודי. המוקד נאלץ לגשש באפילה – והרי איך אפשר לפקח ולבקר את מה שלא ידוע – ופונה לפרקליטות המדינה בכל פעם שמתעורר חשד כי אדם מוחזק במתקן הסודי. כך היה למשל במאי 2011, כאשר משטרת ישראל עצרה אזרח סורי בתל אביב, ובאפריל 2012, כשהצבא עצר שלושה לבנונים שחצו את הגבול סמוך למטולה.
ביום 4.6.2012 התקבלה במוקד
תשובת עו"ד דן אלדד, מנהל תחום בכיר (תפקידים מיוחדים) בפרקליטות המדינה, בנוגע לפניות בעניין המתקן הסודי. אלדד מציין, כי "מזה זמן לא הוחזקו כלואים במתקן זה" וכי התשובות העמומות שהצבא סיפק לשאלות המוקד נבעו "משום שהפניה כנראה לא הובנה נכון". אלדד מוסיף, כי נוכח פניית המוקד "הם מצאו לנכון לרענן בפני הגורמים הרלוונטיים את החשיבות של מתן מענה בהיר ומדויק לפונים למשל"ט הכליאה, לרבות לעניין בדיקת הימצאות כלואים במתקן 1391".
המוקד מבקש לשוב ולהזכיר, כי בדרכו להכשיר את קיומו של מתקן כליאה סודי, יצר בית המשפט העליון חקיקה סודית ופסיקה סודית. מפרטי ההסדר שבית המשפט אישר לפרסם, ניתן ללמוד כי תושבי ישראל או השטחים לא יוחזקו במתקן; כי עצורים יוחזקו במתקן "תקופה מוגבלת וקצרה ביותר"; וכי החזקתו של אדם במתקן טעונה אישור של "דרג בכיר" ודיווח ליועץ המשפטי לממשלה. בנוסף, המדינה הציגה לבית המשפט, במעמד צד אחד, נהלים, שנועדו לכאורה להבטיח את זכויות הכלואים – במתקן אמורה להתקיים ביקורת תקופתית וחברי ועדת המשנה לשירותים חשאיים של ועדת החוץ והביטחון של הכנסת רשאים לבקר בו.
בשורה התחתונה, גם בשנת 2012 ממשיכה ישראל להפעיל מתקן כליאה סודי, בניגוד לשורה של הוראות מפורשות בחוק הישראלי ובמשפט הבינלאומי.
