לאורך שנים היה המבת"ן (מבקר תלונות נחקרים) – הגוף שבסמכותו לבדוק תלונות נחקרים כנגד חוקרי השב"כ – חלק בלתי נפרד מהארגון שאת התלונות נגד חוקריו הוא אמור לבדוק. לאחר
מאבק ממושך שניהל המוקד להגנת הפרט, הוצא ביוני 2013 המבת"ן מהשב"כ והועבר למשרד המשפטים.
עם זאת, הנהלים לבדיקת תלונות הנחקרים והמפקחים על הבדיקה נותרו עלומים כבעבר. ביום 10.9.2014
פנה המוקד למשרד המשפטים, בבקשה לקבל הבהרות בנוגע לסמכויות המבת"ן. בין היתר ביקש המוקד לדעת, מהי דרך פעולתו של המנגנון לבדיקת התלונות, מהן סמכויות ההחלטה של ראשת המבת"ן לגבי כל תלונה, והאם יש גורם הממונה על ראשת המבת"ן ואמון על קבלת ההחלטה הסופית בנוגע לפתיחה או אי-פתיחה בחקירה פלילית נגד חוקרי שב"כ.
משרד המשפטים החליט, על דעת עצמו, להתייחס אל הפנייה כאל בקשה לפי חוק חופש המידע. בהמשך אף דרש מהמוקד תשלום אגרה, וזאת למרות שהיחידה הממשלתית לחופש המידע, שמפרסמת את רשימת העמותות הפטורות מתשלום אגרת בקשה, רשימה בה נכלל גם המוקד, יושבת בתוך משרד המשפטים עצמו.
בתום למעלה מחודשיים מיום פניית המוקד,
התקבל מענה מטעם משרד המשפטים. בתשובה נמסר, כי סמכויותיהם של חוקרי המבת"ן זהות לאלה של חוקרי משמעת לפי חוק שירות המדינה. המשרד פירט בתשובתו את האופציות העומדות בפני המבת"ן בתום חקירה של תלונה: גניזת התיק, עם או בלי המלצה על רענון ושינוי נהלים; או המלצה על נקיטת צעדים משפטיים, לרבות פתיחה בחקירה פלילית. ההחלטה הסופית בנוגע להמלצות המבת"ן נתונה בידי היועץ המשפטי לממשלה, או מי מטעמו. מי שאחראית מטעם פרקליטות המדינה על הטיפול בתיקי המבת"ן היא "הממונה על המבת"ן" (להבדיל מ"ראשת המבת"ן", העומדת בראש המבת"ן עצמו).
מהשוואה בין פניית המוקד לתשובת משרד המשפטים, ניתן להתרשם כי מדובר בתשובה חלקית ביותר. בין היתר, לא נדרש משרד המשפטים בתשובתו לשאלת הימצאותו של מסמך כתוב, המפרט את נהלי העבודה של המבת"ן. המוקד ימשיך במאמציו לברר האם נוהל כזה אכן קיים ואם כן – לדרוש שיומצא לידיו.
