ביום 2.6.2016
עתר המוקד להגנת הפרט לבג"ץ לביטול האיסור על מעברם דרך נמל התעופה בן גוריון של פלסטינים המתגוררים בישראל או בירושלים המזרחית במסגרת הליך לאיחוד משפחות, אך אינם מחזיקים במעמד קבע, אלא במעמד של תושב ארעי (אשרת א/5) או היתרי שהייה צבאיים בלבד. בעתירה טען המוקד כי איסור פוגעני ורב שנים זה הוטל על ידי הצבא, על אף שאין לו כל סמכות בעניין, ולא על ידי שר הפנים, אשר לו נתונה הסמכות הבלעדית בכל הנוגע לכניסה ויציאה מישראל. ביום 11.7.2017 הוציא בג"ץ
צו על תנאי בעתירה, לאחר שהמדינה לא הצליחה לתת מענה מספק לשאלותיו.
בחלוף שנתיים, לאחר שיג ושיח בין הצדדים,
הודיעו הצדדים לבית המשפט ביום 1.7.2019 כי הגיעו להסכמה להסדרת מעברם דרך נתב"ג של פלסטינים המחזיקים במעמד ארעי – אוכלוסיה המונה כיום למעלה מ-4,000 נפש. זאת, בכפוף לבדיקה ביטחונית מקדימה, שתערך על פי בקשתו של התושב הארעי.
ביום 21.11.2019
דחה בג"ץ ברוב דעות את חלקה של העתירה שנותר תלוי ועומד בעניין מעברם בנתב"ג של המחזיקים בהיתרי שהייה. כל שופטי ההרכב דחו את טענת המוקד במישור הסמכות, והיו בדעה אחת כי "קביעת התנאי שלפיו אוכלוסיית האחמ"ש מחזיקת היתר מת"ק אינה רשאית לצאת לחו"ל דרך נתב"ג (למעט במקרים הומניטריים חריגים) מצויה בגדר סמכותו של שר הפנים", במסגרת חוק האזרחות והכניסה לישראל, שתכליתו ביטחונית. השופט פוגלמן הבהיר, כי קביעה זו מתבססת על "
החלטתו המפורשת של שר הפנים" מיום 4.6.2018 – שנתיים ימים לאחר הגשת העתירה – בה אישרר את המדיניות לגבי מחזיקי היתרי מת"ק, כ"תנאי מאוחר" להיתר השהייה.
עם זאת, בדעת מיעוט, סבר השופט פוגלמן, כי יש לקבל חלקית את העתירה, בין היתר, בשים לב ל"פגיעה הממשית שנגרמת למשפחה ישראלית כפועל יוצא מהאיסור על המחזיק בהיתר מת"ק [שהייה] לצאת מנתב"ג". פוגלמן הציע כי בית המשפט יורה למדינה לגבש בתוך שמונה חודשים "מדיניות חלופית לבחינת בקשותיה של אוכלוסיית האחמ"ש המחזיקה בהיתרי מת"ק לצאת לחו"ל דרך נתב"ג, בלא להגביל [זאת] למקרים הומניטריים חריגים בלבד". השופט פוגלמן קיבל את עמדת המוקד, כי האיסור הגורף על נסיעה דרך נתב"ג הינו בלתי מידתי, שכן על הרשויות לנקוט באמצעי אשר פגיעתו בפרט הינה פחותה ככל הניתן – ובמקרה דנן, האמצעי של בחינה ביטחונית פרטנית. זאת, על פי העיקרון המקובל בפסיקה "לפיו בדיקה פרטנית הנשענת על נתוניו הקונקרטיים של הפרט היא פוגענית פחות ומידתית יותר מאיסור גורף". פוגלמן ציין, כי מנגנון כזה של בחינה ביטחונית פרטנית מיושם בנוגע לאוכלוסייה הפלסטינית הכללית, וכי בשנים האחרונות יצאו דרך נתב"ג אלפים רבים של פלסטינים תושבי השטחים (כ-14,000 רק בשנת 2018). "מדוע דבר המתאפשר לאוכלוסייה הפלסטינית הכללית, שנעדרת זיקה מיוחדת בישראל, אינו אפשרי – ובאופן גורף – לגבי משפחה ישראלית בעיקרה, המורכבת מבן זוג ישראל, בן זוג המחזיק בהיתר שהייה לתקופה ממושכת וילדים שהם אזרחים ישראליים [כך במקור]...", תהה פוגלמן.
שופטי הרוב, בניגוד לשופט פוגלמן, קיבלו את עמדת המדינה שלא ניתן להסתפק בבדיקה ביטחונית פרטנית לגבי המחזיקים בהיתר שהייה משום שעולה מהם סיכון ביטחוני ייחודי הנובע מעצם השתייכותם לקבוצה זו. יחד עם זאת, ציינו שופטי הרוב כי טענה לפגיעה בזכות לשיוויון – אשר עלתה רק במהלך הדיונים, משהתברר מספרם הרב של הנוסעים דרך נתב"ג מקרב האוכלוסייה הפלסטינית הכללית – "עשויה להצדיק בחינה נוספת, שונה במהותה", של עניינם של העותרים.
