ביום 2.6.2016
עתר המוקד להגנת הפרט לבג"ץ, בדרישה לקבוע כי פלסטינים שמגוריהם בישראל (או בירושלים המזרחית) מוסדרים מתוקף הליך לאיחוד משפחות (אחמ"ש), רשאים לצאת מהמדינה ולשוב אליה דרך נמל התעופה בן גוריון (נתב"ג), ללא כל היתר נוסף וללא הגבלה.
בעקבות כישלונה של המדינה לתת מענה לשאלות השופטים בדיונים בעתירה, ביום 11.7.2017 הוציא בג"ץ
צו על תנאי שהורה למדינה לפרט מדוע היא אינה מתירה לנמנים עם אוכלוסייה זו לצאת לחו"ל דרך נתב"ג, ולהצביע על הבסיס החוקי ומקור הסמכות המשפטית מכוחם מוטל איסור זה. בעקבות דיון נוסף שהתקיים בעתירה ביום 22.1.2018,
החליט בית המשפט כי "עמדת המדינה בסוגיה טעונה בחינה והרחבה", וכי עליה להתייחס, בין היתר, לשאלת הצורך בנוהל או בחקיקה ראשית שיסדירו את הנושא.
בעקבות כך, בהודעה מעדכנת מיום 7.6.2018, מסרה המדינה כי החליטה להתיר מעבר דרך נתב"ג של פלסטינים המחזיקים באשרת א/5 (תושבוּת ארעית) מתוקף הליך לאחמ"ש, בכפוף להגשת בקשה פרטנית במִנהלת התיאום והקישור הצבאית (מת"ק), ובהיעדר מניעה ביטחונית. לצד זאת, עמדה המדינה על איסור הנסיעה דרך נתב"ג של פלסטינים המחזיקים בהיתרי שהייה מתחדשים בלבד, למעט במקרים הומניטאריים חריגים, וחזרה על הטענה לפיה המניע לאיסור הינו ביטחוני.
בהודעתה, טענה המדינה כי מקורה של הסמכות החוקית בנושא היא בעצם סמכותו של שר הפנים לתת היתרי שהייה בישראל, "הכוללת מאליה" את הסמכות לקבוע תנאים בהיתרים. באשר למחזיקים באשרת א/5, טענה המדינה כי סמכותו של שר הפנים לאסור יציאה דרך נתב"ג נגזרת מפורשות מסעיף 6
בחוק הכניסה לישראל, ועל כן לא נדרשת הסדרה נוספת של הדבר בחקיקה.
ביום 9.7.2018 הגיש המוקד
תגובה להודעת המדינה, בה שב על דרישתו כי זו תאפשר לפלסטינים החיים בישראל כדין מתוקף הליך לאחמ"ש לצאת לחו"ל דרך נתב"ג, ללא כל הגבלה. המוקד טען, כי לאוכלוסייה זו קיימת זכות לצאת לחו"ל דרך נתב"ג בדומה לכל תושב אחר במדינה, וכי פגיעה בזכות לחופש התנועה או הגבלתה צריכה להתבצע באמצעות חקיקה ראשית בלבד. עוד טען המוקד, כי המדינה לא הצביעה על המקור המשפטי מכוחו הנמנים עם אוכלוסייה זו מנועים מלכתחילה מיציאה חופשית לחו"ל דרך נתב"ג. כמו כן, שב המוקד על טענתו כי אין ממש בנימוק הביטחוני לאיסור, שכן פלסטינים המתגוררים כדין בישראל מתוקף הליך לאחמ"ש עוברים בדיקות ביטחוניות מעמיקות באופן עִתי לצורך חידש היתריהם ורישיונותיהם.
באשר לנוהל שהציעה המדינה לאישור בקשות של פלסטינים המחזיקים באשרת א/5 לצאת דרך נתב"ג, טען המוקד כי הפתרון המוצע הינו מגביל ומפלה. זאת, משום שהמבקשים לעבור בנתב"ג ייאלצו להגיש בקשה להיתר צבאי אישי וחד פעמי – התקף לחודש בלבד – לפני כל נסיעה, ובכך נמנע מעברם דרך נתב"ג כדבר שבשגרה.
בחלוף למעלה משנה מיום הוצאת הצו על תנאי בעתירה, המקור החוקי מתוקפו מטילה המדינה הגבלה על חופש התנועה של פלסטינים המתגוררים בישראל כדין טרם הובהר. אף הנוהל החדש שהציעה המדינה מגביל ומפלה, ומספק אך פתרון חלקי למדי לבעיה.
