המשיבים טוענים שהקמת המכשול ב"מרחב התפר" ותפיסת המקרקעין באזור זה נובעות משיקול ביטחוני בלבד, ומעוגנת בדיני התפיסה הלוחמתית; ובזה כלולה הבטחת ביטחונם של המתנחלים. המשיבים טוענים כי הפלסטינים תושבי האזור הם שביצעו פיגועים בעלי אופי גזעני נגד ישראלים, ולכן מוצדקת ההבחנה במגבלות חופש התנועה בינם לבין בני אדם אחרים. עוד טוענים המשיבים כי מדובר בעתירה בעלת אופי דומיננטי מדיני, בעתירה כללית אשר אינה מתייחסת לחלקים מוגדרים של המכשול, ובעתירה מוקדמת מדי ביחס לחלקים מתוואי המכשול שטרם הוצאו צווים לתפיסת מקרקעין בגינם.
